L'origine des individus

Chapitre premier : Cinq thèses pour une nouvelle théorie de l'individuation biologique

1.1 L'ontophylogenèse

1.3 Les lois de la biologie et de la physique sont de même nature

Pour la physique, l'ordre est subjectif parce qu'il est relatif au niveau d'observation auquel se place l'expérimentateur et au degré de précision qu'il s'impose. L'ordre macroscopique à notre niveau d'existence provient du désordre microscopique.

En physique, l'ordre serait épistémologique [dans le sujet connaissant], alors qu'il serait ontologique en biologie.

1.4 Le principe premier de la biologie

L'opinion selon laquelle la philosophie n'a plus grand chose à apporter à la science est très répandue. [...]
Cette manière de voir est erronée.

Chapitre 4. La contradiction du déterminisme génétique

4.2. Les causes de la non-spécificité des molécules

4.2.4 La spécificité n'est pas un concept expérimental

L'utilisation du concept de spécificité conduit donc à sous-estimer les possibilités physiques d'interaction de molécules biologiques parce que ce concept ne capte pas les aspects quantitatifs et continus de ce phénomène.

Chapitre 5. L'auto-organisation ne résout pas la contradiction du déterminisme génétique

5.2 Le holisme philosophique

L'activité efficiente dont parle ici Morgan prend différents noms selon les auteurs. Pour Alexander (1920), il s'agit d'un « Nisus ». Pour Smuts, « holisme est le terme inventé pour ce facteur fondamental œuvrant en vue de la création de touts dans l'univers ». Auparavant Henri Bergson (1859-1941) l'avait appelé « élan vital » (Bergson, 1907).

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Mais pour le holiste, l'émergence signifie la création d'une nouveauté radicale (structure, propriété) correspondant à une réalité objective dans la nature. Dans ce sens fort, il s'agit d'une véritable création ex nihilo et non d'une transformation de quelque chose qui était déjà présent sous une autre forme.
De fait, une telle conception est irrationnelle, incompatible avec la démarche scientifique, qui au contraire s'appuie sur la raison.

Chapitre 6. L'hétéro-organisation

6.4. Simulation du modèle darwinien

6.4.6. Le modèle darwinien induit-il l'émergence de propriétés nouvelles ?

En réalité, nous avons même affaire ici à un contre-exemple qui révèle à quel point le concept d'émergence est un leurre : la simulation permet d'illustrer comment une propriété que nous n'avions pas prédite et qui semble apparaître spontanément au niveau tissulaire est parfaitement explicable et réductible aux règles du fonctionnement cellulaire.

Chapitre 7. Le point aveugle de la biologie

Nous somme aveuglés par son [l'Espèce] évidence absolue qui nous conduit à la concevoir comme l'horizon indépassable de la pensée biologique.

7.5. La contradiction du déterminisme génétique est une conséquence de l'essentialisme génétique

[...] les cas de relation univoque entre un gène et un caractère similaires à ceux décrits par Mendel sont, s'ils existent, des exceptions très rares.